首先，我们需要确认所使用的修改器是否与当前的游戏版本兼容。由于游戏可能存在多个版本或补丁更新，某些修改器可能无法适应最新的游戏状态。因此，建议检查并下载最新版的修改器，确保其能够匹配你的游戏版本。

其次，操作步骤也是关键因素之一。在使用修改器之前，请务必仔细阅读说明书，并按照指示一步步进行设置。例如，有些修改器需要在特定的时间点激活功能，或者需要在游戏运行后输入特定的快捷键组合。如果步骤有误，即使修改器本身没有问题，也可能导致无法正常工作。

另外，还需要考虑系统环境的影响。部分修改器可能受到操作系统安全策略的限制，比如Windows Defender或其他杀毒软件可能会将其视为威胁而阻止运行。在这种情况下，可以尝试暂时关闭这些防护措施（但要注意不要影响到系统的整体安全性），或者寻找经过签名认证的可信版本。

最后，还有一种可能是游戏本身的防作弊机制发挥了作用。近年来，越来越多的游戏开始加强对非法修改行为的检测，一旦发现可疑活动，可能会直接封禁账号或阻止修改器的功能生效。因此，在享受便利的同时也要遵守游戏规则，避免因违规操作而造成不必要的损失。

总之，《空之轨迹FC》修改器未能发挥作用的原因可能是多方面的，包括版本不匹配、操作失误、系统限制以及游戏反作弊机制等。希望以上分析能帮助大家找到问题所在，并顺利解决问题，从而更好地投入到精彩的冒险旅程之中。